很多医院，目前都开展了粪菌移植治疗项目，以下是一些在菌群移植治疗方面较为出色的医院：

　　上海交通大学医学院附属仁济医院：其消化内科在复旦版《2021 年度中国医院专科声誉排行榜》中位列第 1。消化学科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、上海市消化内科临床医学中心等。该医院在菌群移植治疗方面有着深厚的学科底蕴和丰富的临床经验。

　　北京协和医院：北京协和医院消化内科是医院成立最早的专科之一，在国内外均有很大影响，是重点学科。科内设有高水平的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。在菌群移植治疗领域，凭借其强大的医疗团队和先进的诊疗技术，能够为患者提供优质的医疗服务。

　　北京301医院：与粪菌移植厂家北京富玛特公司，共建危重症患者肠道菌群数据库。

　　华中科技大学同济医学院附属同济医院：“华中粪菌移植中心” 及 “华中标准化粪菌库” 落户于同济医院消化内科。消化内科的炎症性肠病及肠菌移植研究团队在肠菌标准化制备、多元化移植途径探索等方面有所突破并应用于临床，为众多需要肠菌移植治疗的患者带来了福音。

　　四川大学华西医院：四川大学华西医院消化内科联合心理卫生中心为孤独症儿童开展内镜下精准菌群移植术，是西南地区的首次实践，且在多科室协作开展粪菌移植治疗工作方面有着丰富经验，医院 His 系统内录入粪菌移植医嘱，方便患者进行后续治疗。

　　上海第十人民医院：上海市肠道菌开发及肠菌移植工程中心 / 同济大学消化系统疾病临床研究中心 / 上海市第十人民医院肠道微生态诊疗中心，是从事菌群移植(FMT)治疗胃肠功能障碍性疾病的临床研究中心。该中心在国内率先建立符合 FMT 要求的 P2 实验室和 GMP 车间，创建中华标准菌群库和中国微生态诊疗联盟，在菌群移植治疗方面成绩突出。

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